Kondisi hidrologi di Kabupaten Ngada dapat dijelaskan berupa air sungai dengan sungai-sungai yang bermuara baik di pantai bagian Utara maupun pantai bagian Selatan. Kabupaten Ngada juga merupakan hulu dari DAS Aesesa yang meliputi Sub Das Wulabhara dan Wae Woki.
Keberadaan sungai-sungai besar seperti Wae Woki, Wulabhara, Waemokel, Waewaru, Waesoa, Waebela, Waekoe dan Alomemak ini telah dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan air minum penduduk yang pengelolaannya berupa leding, pompa, sumur terlindungi, sumur tak terlindungi, mata air terlindungi, mata air tak terlindungi dan air kemasan.
Selain itu, potensi air permukaan dan airtanah di wilayah Kabupaten Ngada cukup besar untuk kebutuhan penduduk dalam memenuhi kebutuhan sehari-hari.
Pusat perkotaan dari Kecamatan Bajawa merupakan wilayah yang termasuk ke dalam cekungan air tanah Bajawa. Cekungan air tanah ini menyimpan cadangan air tanah yang dapat dimanfaatkan untuk kebutuhan air di atasnya. Sebagai pusat perkotaan, penggunaan air tanah menjadi cukup intensif, sehingga perlu adanya upaya untuk menjaga kondisi cadangan air tanah tetap baik.
Kondisi hidrologis juga menggambarkan bahwa pada umumnya pengelolaan Daerah Aliran Sungai belum memadai, sehingga proses pengikisan terus berlangsung. Akumulasi dari proses pengikisan tersebut akan berdampak pada kerusakan lingkungan dan mengancam lahan pertanian serta permukiman.
Oleh karena itu pengelolaan dan penataan Daerah Aliran Sungai (DAS) perlu menjadi perhatian pemerintah.
